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Algunas características importantes para la selección de las técnicas a utilizar son:

Especificidad:
Debe ser adecuada al objetivo que se persigue. Comunmente se desea detectar o identificar una ESPECIE de virus, pero en otras circunstancias es suficiente saber si está presente cualquier virus de un género o al contrario, interesa determinar si es una raza severa de un virus en particular.
Recuerde que el ácido nucleico y la proteína del virus poseen porciones que pueden ser comunes a todo el género, mientras que otras partes pueden ser específicos de un virus o aún de una raza del virus. Entonces, teóricamente se puede manejar la especificidad la elección de los reactivos usados para la detección (antisueros, sondas, primers). En el caso de la inoculación de huéspedes diferenciales, muchas veces se pueden diferenciar razas mediante el estudio de la sintomatología en determinadas plantas indicadoras.

Sensibilidad:
Se refiere a la capacidad de detectar pequeñas cantidades de virus. Vea la página 25 de GEPP (1996).

Repetibilidad:
Si se repite la prueba con otra porción de la misma muestra, ¿qué probabilidad hay que se obtenga el mismo resultado?
Algunos factores que bajan la repetibilidad son:

la dificultad de tener organismos vivos, como las plantas, en exactamente las mismas condiciones en dos momentos dados,
el efecto de la variación en las condiciones ambientales,
la posibilidad de contaminación de la muestra, por lo cual una muestra sana podría dar un resultado positivo.

Rapidez:
Considere el tiempo necesario para obtener un resultado.
Las plantas indicadoras herbáceas en buenas condiciones generalmente muestran síntomas entre 5 y 20 días post-inoculación, las leñosas pueden demorar varios meses, a veces años en presentarlos.
En general, las técnicas de laboratorio requieren alrededor de 24 a 48 horas para llegar al resultado.

Sencillez
¿La técnica es fácil de hacer o requiere un entrenamiento especial y gente capacitada para llevarla a cabo?

Costo
Algunas técnicas requieren equipos muy sofisticados y costosos, mientras que otros pueden realizarse con materiales de bajo costo. Sin embargo, aunque el equipo requerido sea caro, el costo por muestra llega a ser aceptable si se analizan gran cantidad de muestras.

Posibilidad de procesar gran número de muestras
En determinadas circunstancias se necesita tener rápidamente una estimación del porcentaje de individuos infectados de una población (lote de semillas, plantas de un cultivo, etc.). Existen técnicas adaptadas a esta situación, en las cuales se pueden procesar una serie de muestras simultáneamente en un pequeño espacio y que dan resultados que pueden valorarse rápidamente.
En el caso del microscopio electrónico, considere que Ud. se podría pasar horas buscando unas partículas de virus en un preparado, si el patógeno se encuentra en baja concentración en la muestra.